深海熒光計包括通過透鏡與激勵濾光片光學連接的光源，與記錄濾光片光學連接的樣品池和記錄系統，其中，光源是脈沖式的，記錄系統是三通道式的，每一通道都包含一光電接收器，光電接收器與選通積分器連接，選通積分器的輸出端與模數轉換器相連，所述光電接收器中之一經緩沖放大器與模數轉換器連接，所有的選通積分器都與測量選通脈沖整形器連接，模數轉換器及測量選通脈沖整形器與控制裝置連接，所述控制裝置與顯示裝置連接。
深海熒光計在使用時，需要注意開機次序，以保護設備之間不受影響。深海熒光計開機順序一般為先開氙燈，然后開儀器主機，后開跟儀器連接的計算機。如此操作的原因在于穩態氙燈是高壓點亮，為了避免瞬問脈沖電流對周圍設備造成影響，需要先開氙燈，等電流穩定后再打開周邊的電腦等設備。
深海熒光計的工作原理是光源氙弧燈發出的光通過切光器使其變成斷續之光以及激發光單色器變成單色光后，此光即為熒光物質的激發光，被測的熒光物質在激發光照射下所發出的熒光，經過單色器變成單色熒光后照射于測樣品用的光電倍增管上，由其所發生的光電流經過放大器放大輸至記錄儀。
在用深海熒光計測定某些會引起熒光改變的微量物質時，常采用差示熒光法，可使熒光強度的讀數差距拉大，使熒光強度的降低加大，從而提高方。
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